ボート競技は、選手が、前後に動くシートに座り、オールを使って艇を後ろ向きに進める競技です。ゴールを見ないでゴールを目指す珍しいスポーツですが、イギリス発祥の伝統あるスポーツです。全国の高専でボート部を持つ学校は少ないため、高専大会はなく、高校の大会に出場するのが本校の漕艇部の主な活動になっています。ボート競技にはさまざまな種目がありますが、高校生の種目は、シングルスカル（１人乗り）、ダブルスカル（２人乗り）、舵手付きクォドルプル（５人乗り）の３種目で、１人が２本のオールを持って漕ぐスカル種目のみです。本校漕艇部は、平成２３年には、全国高校総体（北東北インターハイ・岩手県田瀬湖）の男子シングルスカル種目において、見事準優勝に輝き、佐世保高専史上インターハイにおける初のメダル獲得という快挙を成し遂げました。
また、平成２６年度、平成２８年度、平成３０年度、令和３年度には舵手付きクォドルプル（５人乗り）種目において、インターハイに出場しており、平成２６年度には長崎県新人戦総合優勝、令和３０年度には高専史上初となる長崎県高校総体総合優勝を果たしました。平成２６年度から平成２８年度までは３年連続で国体出場、令和元年度にも国体に出場しています。令和３年度にも２種目２人の本校の選手が三重国体の出場権を獲得したのですが、コロナの影響で国体自体が中止となったため、本国体には残念ながら出場できませんでした。
本校の漕艇部は、練習環境には決して恵まれていませんが、全国の舞台で活躍することを目標に日々練習を積み重ねています。
主な活動
| ５月上旬 | 斑蛇口湖ゴールデンウィーク合同合宿 |
| ６月上旬・中旬 | 長崎県高校総体・九州大会 |
| ７月下旬・８月 | 国体九州ブロック予選・インターハイ・江津湖ビギナーズレガッタ |
| 10月上旬・中旬 | 国体・長崎県高校新人大会 |
| 11月上旬 | 九州大会・九州シングル合宿 |
| 12月中旬 | マシーンローイング大会 |
| １月上旬・中旬 | ウィンターズカップ（菊池斑蛇口湖） |
| ３月下旬 | 全国選抜大会 |
主な戦績
| 令和3年度 | 北信越総体（インターハイ）出場（男子舵手付きクォドルプル） 三重国体出場権獲得（少年男子ダブルスカル・少年男子シングルスカル） （新型コロナの影響のため中止） |
| 令和元年度 | 茨城国体出場（少年男子舵手付きクォドルプル・長崎県選抜） |
| 平成30年度 | 長崎県高校総体総合優勝（初） 東海総体（インターハイ）出場（男子舵手付きクォドルプル） |
| 平成29年度 | 全九州高等学校ボート競技大会優勝（シングルスカル） |
| 平成28年度 | 中国総体（インターハイ）出場（男子舵手付きクォドルプル） 国体九州ブロック３位（少年男子舵手付きクォドルプル） 岩手国体出場（少年男子舵手付きクォドルプル） 全日本選手権（男子シングルスカル・ベスト１６） 全国高等選抜ボート大会出場（男子ダブルスカル） |
| 平成27年度 | 国体九州ブロック優勝（少年男子ダブルスカル） 和歌山国体出場（少年男子ダブルスカル）（準決勝進出） |
| 平成26年度 | 全国高校選抜ボート大会出場（男子シングルスカル） 長崎県新人戦総合優勝（初） 南関東インターハイ出場（男子舵手付きクォドルプル） 長崎がんばらんば国体出場（少年男子シングルスカル・少年男子舵手付きクォドルプル） |
部員数（令和５年度）
| 1年生 | 男子部員 0人 | 女子部員 0人 |
| 2年生 | 男子部員 0人 | 女子部員 0人 |
| 3年生 | 男子部員 5人 | 女子部員 2人 |
| 4年生 | 男子部員 7人 | 女子部員 1人 |
| 5年生 | 男子部員 7人 | 女子部員 2人 |
| 合計 | 男子部員 19人 | 女子部員 5人 |