佐世保高専吹奏楽部では，木管楽器（フルート，クラリネット，サックスなど），金管楽器（トランペット，トロンボーン，チューバなど），打楽器（ティンパニ，ドラム，マリンバなど），弦楽器（コントラバスなど）を演奏する部員たちが集まって，少ない練習時間の中，日々楽しくパート練習や合奏練習に励んでいます。毎年初心者が入部してきますが，先輩が丁寧に教えてくれますので，半年もすると上手に演奏できるようになります。
毎年ゴールデンウィーク中に行っている定期演奏会は，平成３０年に２３回目を迎え，地域にすっかり定着してきました。長崎県吹奏楽コンクールには毎年大学の部に出場しており，平成２６年には金賞を受賞しました。長崎県アンサンブルコンテストにも毎年大学の部に出場しており，平成１９年にはサックス四重奏が，平成２４～２６年には打楽器五重奏が金賞を受賞し，３年連続して九州アンサンブルコンテストに推薦されました。九州大会では惜しくも銀賞でしたが、金賞まであと一息のところまできています。また，学校行事での演奏（入学式，文化祭，卒業式など）や地域からの依頼演奏（小学校など）も積極的に行っています。
最近では，部員全員が少なくとも１曲は出演する「校内アンサンブルコンテスト」にも力を入れています。少人数によるアンサンブルを練習することにより，演奏技術の向上を図るとともに，その練習成果を保護者の方々にも楽しんでもらうようにしています。
年間行事
| ４月上旬 | 春季学外合宿（定期演奏会の練習） 入学式での演奏（歓迎曲、国歌、校歌） |
| ５月上旬の連休中 | 「定期演奏会」 |
| ７月中旬 | 夏季学外合宿（吹奏楽コンクールの練習） 「長崎県吹奏楽コンクール（大学の部）」に出場 |
| ８月下旬 | 「九州吹奏楽コンクール」に出場（長崎県代表となった場合） |
| １１月上旬 | 文化祭でのステージ演奏 |
| １２月中旬 | 校内アンサンブルコンテスト |
| １２月下旬 | 「長崎県アンサンブルコンテスト（大学の部）」に出場 |
| ２月中旬 | 「九州アンサンブルコンテスト」に出場（長崎県代表となった場合） |
| ３月中旬 | 卒業式での演奏（国歌、校歌、歓送曲） |
その他、地域からの依頼演奏も行っています。
主な活動・戦績
| 定期演奏会 | 令和５年５月５日に第２７回定期演奏会を開催 |
| 長崎県吹奏楽コンクール（大学の部） | 金賞（S60~63,H1,H26） |
| 九州吹奏楽コンクール（大学の部） | 銀賞（S63,H4,H12） |
| 長崎県アンサンブルコンテスト（大学の部） | 金賞（S63,H1,H5,H7,H9~14,H18~19,H24~26） |
| 九州アンサンブルコンテスト（大学の部） | 銀賞（H1,H5,H12,H19,H24~26） |
部員数（令和６年度）
| 1年生 | 男子部員 2人 | 女子部員 6人 |
| 2年生 | 男子部員 3人 | 女子部員 1人 |
| 3年生 | 男子部員 1人 | 女子部員 3人 |
| 4年生 | 男子部員 6人 | 女子部員 2人 |
| 5年生 | 男子部員 1人 | 女子部員 0人 |
| 専攻科1年生 | 男子部員 1人 | 女子部員 0人 |
| 専攻科2年生 | 男子部員 1人 | 女子部員 1人 |
| 合計 | 男子部員 15人 | 女子部員 13人 |